实验室运行管理的目标是营造一个团结、协作、民主、宽松、高效的学术环境。实验室实行主任负责制，由实验室主任、党支部书记、课题组长和部分研究员组成室务会，由实验室正副主任组成实验室主任办公会，主任办公会每月举行一次例会，有特殊事务时临时召开，商议和决定全室日常事务。实验室定期召开室务会，讨论决定重要事宜。实验室认真贯彻实施“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，努力做到管理工作的科学化、民主化、制度化和规范化，营造出了求真务实、协力创新、和谐奋进的良好科研氛围，充分调动和发挥了实验室人员的积极性与创造力。实验室始终坚持“按需设岗、按岗聘任”的用人原则，各类人员岗位职责明确，具有强烈的主人翁意识、责任感和使命感。实验室学术氛围浓厚，学术风气端正，无违反学术道德的事件发生。实验室积极为青年人才成长创造条件，鼓励和支持青年学术骨干承担重要科研任务。
注重发挥学术委员会在把握研究方向和学术交流等方面的宏观指导作用，发挥技术委员会在大型仪器运行、技术人员培训和新方法开发等方面的监督与指导作用，并建立了规范可行的学术委员会制度和技术委员会制度，有效促进实验室的高效、有序运转。实验室环境整洁，坚持每年举行实验室公众开放日活动，及时更新网页内容，做到信息公开。
（1）实验室管理与室领导和室务会
实验室实行高度民主下的室主任负责制。实验室通过主任办公会和室务会对实验室进行民主管理，主任办公会由实验室正副主任组成，每两周召开一次会议，室务会由室领导和部分骨干研究人员组成，原则上半年召开一次会议。主任办公会研究决定实验室日常事务以及对实验室重要事务进行讨论，对实验室存在的问题以及设涉及实验室发展有关的重大问题，经办公会研究后，由室务会讨论通过后实施。另外还有技术委员会，负责技术支撑系统的工作。
（2）充分发挥学术委员会的指导作用
按照《学术委员会章程》规定，学术委员会的主要职责包括把握实验室的研究方向、审核实验室开放课题指南、评审实验室开放课题、参与组织实验室的国内外学术活动、检查评估实验室科研工作进展等。本届学术委员会共有学术委员18 人，其中本单位2人。实验室每年召开一次以上学术委员会会议，由实验室主任向学术委员会委员汇报实验室一年的科研进展、管理运行情况等，并对上年度学术委员会所提意见的改进情况作专门说明；听取并评议学科带头人的年度工作总结和下一年工作计划；讨论下一年实验室开放课题指南。此外，委员们还向实验室介绍兄弟实验室和其他研究单位的成功经验，并就本学科领域的前沿与热点问题进行专题演讲。除参加学术委员会会议外，委员们还以短期讲座、联合承担科研项目等形式参与实验室科研活动，有效促进了实验室开放合作与学术交流，成为实验室发展不可或缺的重要力量。
（3）实验室规章制度建设
科学化、制度化建设是实验室健康发展的重要保证，也是增强实验室吸引力、凝聚力和竞争力的重要措施之一。实验室在遵循国家重点实验室建设和管理办法的原则下，不断完善实验室的管理方法，已在开放基金申请、各类人员考核、分析质量保证、激励机制等方面建立了较为完善的系列规章制度，如《实验室管理条例》、《学术委员会章程》、《学术道德规范》、《实验室管理细则》、《实验室经费使用管理办法》、《开放课题基金管理办法》、《科研岗位招聘实施细则》、《技术主管招聘考评办法》、《科研人员岗位职责》、《实验室主任副主任职责》、《实验室各级技术支撑岗位职责》、《公共实验室管理规章》、《分析测试质量管理办法》、《大型精密仪器管理暂行办法》、《固定和流动人员的成果奖励实施细则》、《科技档案管理办法》、《实验室安全管理办法》、《实验室突发事故处理预案》等。上述制度于2009年经过整理和完善，形成了《环境地球化学国家重点实验室文件汇编》，评估期内，根据实验室的实际情况，新增、修改和完善了部分文件《环境地球化学国家重点实验室管理条例》、《环境地球化学国家重点实验室经费管理办法》、《环境地球化学国家重点实验室科研专项经费管理办法》、《环境地球化学国家重点实验室开放课题管理办法》、《实验室主任办公会制度》、《室务会制度》、《非设备管理人员使用仪器培训上岗制度》、《仪器使用气体管理办法》、《超净实验室使用管理办法》，上述制度于2014年经过整理和完善，形成了《环境地球化学国家重点实验室文件汇编》2014版，进一步规范了实验室运行管理，形成了科学民主的决策氛围和简洁高效的管理运行机制，提高了实验室工作效率，对人才的吸引力进一步加大。
（4）学风建设
长期以来，实验室十分注重营造求真务实、协力创新、和谐奋进的良好科研氛围，营造竞争合作的和谐人文环境。实验室非常重视学风建设，专门制定了《环境地球化学国家重点实验室学术道德规范》，强调弘扬老一辈科学家求真务实、团结协作的科研作风，强调学术上要严谨严密、实事求是，坚决反对弄虚作假。到目前为止，实验室无违反学术道德的事件发生，各类人员敬业爱岗，具有强烈的主人翁意识、责任感和使命感，实验室的凝聚力和竞争力显著增强。
（5）进一步完善实验室创新激励措施
实验室长期以来形成了一套完善的科研创新激励措施，5年来继续坚持以外，我们针对技术支撑平台，专门出台了一系列的规章制度和措施。从制度建设、过程监督、目标管理以及人力和物力投入，最大力度促进技术支撑系统的高效使用和开放。
p 完善制度
我们制定了针对技术系统的一系列规章制度，如《地化所分析测试技术人员考评和绩效管理办法（试行）》、《技术主管招聘考评办法》、《实验室各级技术支撑岗位职责》、《公共实验室管理规章》、《分析测试质量管理办法》、《大型精密仪器管理暂行办法》、《实验室安全管理办法》、《实验室突发事故处理预案》等，使技术平台管理有章可循，技术人员的操作行为得以规范，利益得以保障，调动了实验人员的积极性。
p 保障人力
我们加大了实验室支撑系统人员队伍的建设，形成了包含15个博士、共计21人的专业分析测试人才队伍，并对技术人员进行系统的技术培训，要求技术人员每年必须至少参加一次同行技术交流或培训会，5年来派出国内培训100余人次，其中国外9人次，其中2人到国外培训半年以上。使技术系统业务水平有较大的提高，设备使用有了坚实的基础，本次实验室整体搬迁，我室总值五千多万的大型设备，除3台请了厂家来搬迁外（花费25万元），所有设备均由我们技术人员独立完成且调试正常，充分体现了技术系统的能力。
p 优化结构
我们建立了科研和技术人员相结合的大型仪器分析平台管理模式，由相关研究领域的科研人员组成研究指导组，与技术人员一起，使科研团队和技术支撑人员有机结合，根据科研工作实际需要，开发仪器功能，建立新的分析及技术和方法，不光充分发挥了设备的使用效能，还使分析测试技术真正成为解决科学问题的工具和有机组成部分，而不仅仅是科研样品的分析工具。
p 充实经费
实验室投入大量经费，除了在人员工资，仪器耗材及维修等方面给予充分保障外，还设立了专项经费用于设备功能开发、人员培训，创新奖励等方面。5年来投入了新技术新方法开发经费100万，人员培训经费80多万，创新奖励经费15万。整个技术支撑平台运转效率得以提高。给予了充分的保障
p 机制激励
我们制定了《地化所分析测试技术人员考评和绩效管理办法（试行）》，文件中完善了技术人员的考评和激励机制，比如：对技术人员考核分为分析质量、劳动纪律、任务完成量、技术创新等方面。技术人员可根据不同方面的考核获得基本绩效，完成任务绩效（文件规定实验技术人员可获得分析收入的15%），和创新绩效奖励（文件设置技术创新奖，特优创新奖励2万元…，如果创新成果达到上一级职称的聘用标准，可享受2年的上一级岗位的待遇。
以上措施是的在5年来我们的实验平台获得较大的提升，机时率、共享率，数据质量、新技术方法创新都取得长足的进展，在国内外的影响力有所提高。
（6）举办系列学术活动，培育浓厚学术氛围
实验室积极组织各类学术活动，除了每年的学术委员会会议、科学家战略研讨会等大型学术交流活动外，实验室鼓励学科小组内部，学科小组之间进行学术交流，并将其作为对课题组长的考核指标之一。很多课题组每周都单独或与其他课题组联合举行学术交流活动，气氛自由宽松，不同学术见解百家争鸣，在相互批判与借鉴中赢得各自的发展。这些活动为培养中青年科研人员和研究生独立思考和分析问题的能力、扩展知识面、启迪创新思想、活跃学术气氛，均起到了良好的作用，现在已经成为我室科学家日常生活的一个重要部分。
（7）坚持实验室公众开放日活动
普及科学知识、传播科学文化是国家重点实验室的重要责任。实验室所依托的地化所，是全国青少年科普教育基地，为推动科学普及、宣传实验室科研成果、培养青少年科学意识，实验室每年坚持举办公众开放日活动，通过大型仪器设备开放参观、大学生暑期研究计划、手拉手等多种形式开展科普教育与宣传，接待了南京大学、中国地质大学、吉林大学、贵州大学等相关院系的大学生到重点实验室开展暑期实验和参观学习。通过重点实验室系列开放活动，让大学生和社会公众了解了实验室的科研方向与能力水平，增长了他们的科学知识，扩大了实验室的影响力，促进了实验室的发展。
